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黄龙岩溶国家地质公园距成都市394km，距离自治州府马尔康431km。成都至松潘川主寺有二级公路（九环线）相通，川主寺至黄龙景区为高等级的水泥路，黄龙景区至丹云峡为碎石路，松潘至牟尼沟景区为柏油路面。整个地质公园交通十分便利。
黄龙岩溶国家地质公园位于青藏高原东部边缘向四川盆地过渡地带，岷山山脉纵贯其中。这里是中国第二级地貌阶梯的坡坎前缘部位，各种地形单元汇集，地貌形变较大，地割程度较深。区内高山雄崎，峡谷深切。最高峰岷山主峰雪宝鼎海拔5588m，终年积雪，是中国现有冰川的最东点。从雪宝鼎至红星岩（5010m）、尕而纳（4767m）一线，是岷山、涪江和嘉陵江三江源头分水岭，向东围合成完整的涪江江源流域。
公园最低点扇子洞海拔1770m。海拔3700m～4000m以上为悬崖绝壁，基岩裸露，保存较多冰川地貌遗迹。3700m以下则植被发育，森林繁茂，但峡谷地段陡峻。全区发育与热带显著不同的是，由上部高寒喀斯特和下部寒温喀斯特两个系统构成的特殊喀斯特地貌，以源于雪宝鼎喀斯特堆积的黄龙沟钙华体及其造型地貌最为壮观，它与牟尼沟钙华瀑布、湖泊、丹云峡喀斯特峡谷构成黄龙主体地质遗迹景观。
黄龙岩溶国家地质公园地处中国北亚热带秦巴湿润区和青藏高原——川西湿润区的西侧，属高原温带——亚寒带季风气候类型。高山湿润寒冷，河谷干燥温凉，冬季漫长，春秋相连，基本无夏。年均气温5℃，年温差和日温差均大，日照充足，时可见雾，年平均降水量758.9mm，夏多冬少，5～7月降水量占全年的70～73%。区内气候垂直分带明显。高山寒带：海拔4500m以上地区；高山亚寒带：海拔3000m～4500m地区；高山温带：海拔2000m～3000m地区；暖温带：海拔2000m以下地区。降水量随海拔高程的增加而增加，充沛的降水促成了地表沟谷的发育。黄龙岩溶国家地质公园内水系发育，河网密度大。
黄龙、丹云峡景区属涪江水系，红星岩、牟尼沟景区属岷江水系。涪江发源于区内雪山梁子，向东北再偏南流，先后纳入草湾沟、淘金沟、黄龙沟、大湾张家沟、三舍驿张家沟、窑沟、四沟、镇源沟、松丫子沟、龙滴水和西沟等支流，从双河出境，构成完整典型的树枝状涪江江源水系。水系坡陡河窄。河水主要靠大气降水沿坡面径流补给。径流年际变化大，年内分配不均，5～7月份为汛期，主景区黄龙沟春涸、秋盈，季节性强。岷江发源于弓嘎岭，向南纳入卡卡沟、阿翁沟等支流，经安宏出境，由北向南径流全境，在安宏汇入岷江，全长38km，流域面积396 km2。溪谷多跌水瀑布，高山多湖泊。区内地下水发育，丰富的喀斯特裂隙水是钙华沉积的唯一物质来源。浅层地下水矿化度0.1～1g/L。区内还有低温温泉、碳酸矿泉水、硫化氢泉等特殊水质的地下水。
黄龙岩溶国家地质公园土壤母质主要为碳酸盐岩，其次为砂、板岩。土壤垂直分带性明显，主要土壤类型是：高山草甸土、暗棕壤、棕壤。钙华景观区均为钙性土，质松，含腐殖质和水分、气体，厚度在数十厘米至数米。
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